Monstros grotescos semelhantes ao Godzilla, chamados “kaijuu”, vêm aparecendo pelo Japão há muitos anos. Para combater essas criaturas, uma unidade militar de elite conhecida como Corpo de Defesa arrisca suas vidas diariamente para proteger os civis. Uma vez que uma criatura é abatida, “limpadores” — que trabalham sob a Professional Kaijuu Cleaner Corporation — ficam responsáveis por descartar seus restos.
Kafka Hibino, um homem de 32 anos, está insatisfeito com seu trabalho como limpador. Desde jovem, ele aspirava entrar para o Corpo de Defesa e matar kaijuus para viver. Após algumas tentativas fracassadas, porém, ele desistiu de seus sonhos e se conformou com a mediocridade que lhe garantia um salário decente. Ainda assim, quando um recruta ambicioso de 18 anos chamado Reno Ichikawa entra para sua equipe de limpeza, Kafka é novamente lembrado de seu desejo de ingressar no exército.
Após uma sequência de eventos infelizes e uma interação com o jovem limpador, Kafka encontra um kaijuu do tipo parasita que entra à força por sua boca — transformando-o em um monstro humanoide. Com seus novos poderes, Kafka decide dar uma última tentativa ao sonho de sua vida.
